В холдинговото дружество, под "шапката" на БДЖ ЕАД ще бъдат оформени и ще се следват две бизнес линии - пътнически превози и товарни превози. В тях ще бъде съсредоточено оперативното управление и ще бъдат прехвърлени активите - локомотиви и вагони, които са реално необходими за изпълнение на дейността.
В "шапката" БДЖ ЕАД ще бъде съсредоточено стратегическото управление на дружеството. Там ще останат и всички непотребни активи - подвижен състав, който ще бъде бракуван или разпродаден.
Чрез промяната, организационната и управленска структури на българския жп превозвач, ще бъдат уеднаквени с тези на европейските железници. Основната цел е да бъде създадена една работеща и ефективна система за реформи и промени, чрез която дружеството да действа като печеливша компания.
Създаването на тази холдингова структура е едно от изискванията на Световната банка за отпускане на заем за железопътния сектор.