Най-големият често срещан проблем е предозирането на хлора, който се използва като дезинфектант. В София не е установен хлор над нормите. В пробите от Русе, Търново, Габрово, Стара Загора и Ямбол съдържанието му е най-високо.
Нитратите са друго опасно замърсяване на питейните води. Най-голямо количество е установено във Видин, Димитровград и Пазарджик и в още няколко града, които се намират в равнините и се водоснабдяват от подземни източници чрез помпи.
Водата е проверена и за наличие на метали - желязо, манган, мед, олово, арсен. Най-рисково за хората е оловото. В Свищов, Ямбол, Монтана, Видин и Костинброд е засечено наличие на олово, макар и в малка доза. Замърсяването се дължи на стари от преди 50-60 години тръби, на които ъгловите връзки са правени с оловна сплав.