Основните усилия в подготовката на ВМС през 2016 г. бяха насочени към провеждане на подготовка на щабовете и формированията за поддържане на изградените и придобиване на нови способности, с отчитане на ресурсните възможности, както и за изпълнение на задачите, в съответствие с мисиите на въоръжените сили.

Особено внимание при подготовката на военните формирования от ВМС беше обърнато на осигуряване ефективното функциониране на системата за отбрана в контекста на политиката, провеждана от НАТО и ЕС, развитието на отбранителните способности на ВМС, поддържането на постоянна бойна и мобилизационна готовност, отработването на задачите при разрешаване на кризи от невоенен характер и ликвидиране на последствията от бедствия, борбата с асиметричните заплахи, осигуряването на морските комуникации, борбата с подводниците, минното оръжие, подводните диверсионни сили и средства и диверсионните разузнавателни групи и възстановяването на боеспособността на силите, както и участие в операцията по поддръжка на органите на МВР за охрана на държавната граница.

През учебната 2016 г. ВМС проведоха и участваха в следните международни и национални учения с международно участие:

От 14 януари до 27 февруари 2016 г базов миночистач "Шквал" се включи във Втора постоянна група противоминни кораби на НАТО /SNMCMG 2/ и изпълнява съвместни действия за обследване на морски райони за безопасно корабоплаване в Егейско, Йонийско и Черно море .
От 22 до 27 февруари 2016 г. базов миночистач "Шквал" съвместно с Втора постоянна група противоминни кораби на НАТО участва в българо-румънското военноморско учение "Посейдон 2016", което се проведе в акваторията на Черно море.

От 13 до 30 април 2016 година се проведе съвместната българо-американска подготовка между формированието за специални операции на Военноморските сили на Р. България и формирование от силите за специални операции на ВМС на САЩ.

През месец май се проведоха тактическите учения на корабните дивизиони:
От 6 до 10 юни 2016 г. се проведе тактическото учение на Военноморска база - ВМС.
От 10 до 27 юли 2016 г. специалните сили на флота участваха в учението "Тракийско лято 2016".
От 8 до 17 юли 2016 г. се проведе национално военноморско учение "Бриз 2016" отворено за участие на ВМС от страни членки на НАТО на което се сертифицира фрегата "Верни" съгласно методиката за оценка на НАТО - MAREVAL. За качеството на планиране и провеждане на учението говори както участието на всички страни-членки на НАТО в акваторията на Черно море, така и традиционното участие на сили и средства на страни-членки от Алианса извън Черноморския басейн, като САЩ, Република Италия, Република Гърция, а тази година и от ВМС на Република Полша. Постоянните военноморски сили на НАТО (SNF) също включват учение "БРИЗ" в годишните си планове, като през последните години участват с две групи - с една корабна и с една противоминна, което е един отличен атестат за качеството на учението.

От 18 до 21 юли 2016 година корвета "Бодри" участва в противоподводното учение на Военноморските сили на Румъния с международно участие - Sea Shield 2016. В щаба на учението участва и офицер от българските ВМС.
През август отново специалните сили участваха в съвместна подготовка BLACK SEA ROTATIONAL FORCE с колеги от Алианса.

От 27 октомври до 5 декември, фрегата "Верни" взе участие в операцията по морска сигурност на НАТО "SEA GUARDIAN", която се провежда в Средиземно море.

Операцията се провежда с цел осветяване на обстановката в Средиземно море, противодействие на тероризма и нарастване на усилията на Алианса в този изключително важен за международната сигурност регион.

По време на операцията, групата за проверка на кораби от фрегата "Верни" премина подготовка в цeнтъра на НАТО (NATO MARITIME INTERDICTION OPERATION TRAINING CENTRE - NMIOTC) в Суда. В хода на операцията "Верни" взе участие в противоподводното учение на ВМС на Република Турция "MAVI BALINA 2016", което значително допринесе за поддържането на противоподводната подготовка на кораба
Същевременно от 25 ноември до 4 декември базов миночистач "Прибой" участва в ежегодното противоминно учение на ВМС на Република Турция "NUSRET". Учението бе много добра възможност за провеждането на поредното сертифициране на кораба като част от силите, които нашите ВМС ежегодно декларират за НАТО. Сертифицацията се проведе от български екип, който плава на борда и е съгласно изискванията на Алианса.

Щабни офицери бяха включени в органите за управление на операциите на ЕС "ATALANTA" и "EUNAVFORMED/Op SOPHIA" и състава на Постоянните военноморски корабни групи на НАТО (SNMG).

Офицери от флота участваха в украинско-американско военноморско учение "SEA BREEZE 2016" от 18 до 31.07.2016 г.

Кораби участваха и в учения от типа "PASSEX" с кораби от ВМС на НАТО, посещаващи Р. България и при прехода им към пристанища на страни-членки на НАТО.

Част от задачите на Военноморските сили по мисия трета "Принос към националната сигурност в мирно време" са да подпомагат и съдействат на другите ведомства в борбата с организираната престъпност, трафика на наркотици, хора и оръжия в националните морски пространства, чрез осъществяване на контрол на режима на корабоплаването в тях.

Разработени бяха и се утвърдиха поддържащи планове за участие на военни формирования от Българската армия (в частност Военноморските сили) в съвместни действия с Министерството на вътрешните работи за изпълнение на допълнителни задачи при масово навлизане на чужденци на територията на Република България.

С цел организиране и координиране на тези действия на ниво ВМС - Регионална дирекция "Гранична полиция" - Бургас при засилен миграционен натиск в морските пространства на Република България бе изготвен и утвърден "Предварителен ситуационен план за съвместни действия на ВМС и РД "Гранична полиция"-Бургас при усилване охраната на държавната морска граница".

На 10 април 2016 г. в акваторията на Бургаския залив на проведената съвместна тренировка на сили и средства от Военноморските сили и Регионална дирекция "Гранична полиция" - Бургас се демонстрираха извършването на съвместни действия по залегналите в плановете процедури за недопускане на нелегално проникване на мигранти в териториалното море.

Военноморските сили продължават да оказват помощ на населението при бедствията, аварии и да опазване чистотата на морските фарватери от мини и боеприпаси.
През 2016 г. корабните и брегови формирования от ВМС проведоха:
- 1 тактическо учение на вмб-ВМС;
- 4 дивизионни тактически учения;
- 1 тактическо учение на ОПСС-Бургас;
- 42 тактически учения на единичния кораб;
- 2 тактико-специални учения на бреговата опорна система за
комуникационна и информационна поддръжка
- 18 батальонни тактически / тактико-специални учения;
- 1 летателно тактическо учение;
- 18 ротни тактически / тактико-специални учения.
С нивото си на професионализация и подготовка, както и с високата оценка, която получиха на проведените учения, ВМС имат пълно основание да се гордеят с постигнатите резултати.